Das Biodiversitäts-Monitoring-Systems (BMS) ermöglicht Standardorganisationen, Lebensmittelunternehmen und Erzeugergemeinschaften die Biodiversitätsleistung von zertifizierten Betrieben, Erzeugern oder Mitgliedsbetrieben zu überwachen. Das Monitoring basiert auf 108 Kennzahlen, die in 41 Indikatoren einfließen. Sie bilden relevante Aspekte ab in Bezug auf den Schutz und die Schaffung von Potenzialen für die biologische Vielfalt, die Verringerung negativer Auswirkungen sowie die Fortbildung zu Aspekten der Biodiversität. Die meisten dieser Indikatoren sind auch für den Schutz und die Förderung von Insekten - insbesondere von Bestäubern - relevant.

Darüber hinaus decken die Kennzahlen und Indikatoren des BMS alle Anforderungen des Basis-Set an Biodiversitätskriterien ab, auf die sich die Mitglieder der deutsche Branchen-Initiative Food for Biodiversity geeinigt haben. Das BMS wertet die aggregierten Daten einer bestimmten Gruppe an landwirtschaftlichen Betrieben aus und präsentiert die Monitoring-Ergebnisse geordnet nach neun Clustern. Nutzer wie Standardorganisationen, Unternehmen und Erzeugergemeinschaften können damit die Umsetzung der Basiskriterien sowie Anforderungen darüber hinaus für eine bestimmte Gruppe von Produzenten bewerten.

Alle Nutzer haben einen geschützten Zugang, um die Daten „ihrer“ angeschlossenen Betriebe einzugeben und auszuwerten. Damit ist der Datenschutz gewährleistet. Der automatische Transfer von Daten vom Biodiversity Performance Tool zum BMS wurde eingerichtet und kann vorgenommen werden – vorausgesetzt der Landwirt /die Landwirtin stimmt den zu.